Attestato come monastero dal 1034, San Nazaro e Celso (e Giuliana) nasce sulla base di un più antico sacello rupestre che si riconosce nella cosiddetta Grotta di San Michele, ma è da riconoscersi probabilmente in una chiesa citata ancora nel cosiddetto Versus de Verona dell'VIII secolo. L'attuale chiesa venne edificata tra il 1464 e il 1466, sotto il governo della congregazione di Santa Giustina di Padova. A partire da questo momento e fino al 1687, quando venne realizzato da Antonio Saletti il portale barocco e il recinto ellittico che racchiude il sagrato, la chiesa si arricchì di opere d'arte, commissionate ai migliori artisti della città, in gran parte ancora qui conservate. Alla chiesa si affiancata la cappella di San Biagio, realizzata e affrescata su disegno complessivo di Gian Maria Falconetto alla fine del XV secolo.