Al centro della storia il Codice del volo, lasciato in eredità da Leonardo da Vinci a Francesco Melzi, suo allievo prediletto: appunti e disegni che incarnano il sogno giovanile del Maestro di imitare il volo degli uccelli, una utopia che inseguirà fino alla fine dei suoi giorni. Nel romanzo le pagine del Codice smembrato, nascoste per anni nella biblioteca del Convento domenicano della Basilica milanese di Santa Maria delle Grazie, vengono contese da personaggi singolari: un pittore senza braccia, un vecchio mercenario svizzero, un anziano pittore olandese, un giannizzero, contornati da una moltitudine di preti, ostesse, fattucchiere e speziali. Attraverso un incalzante susseguirsi di colpi di scena, fra omicidi e supposti sortilegi, movimenti di truppe nelle guerre tra Firenze e Siena e caotiche feste patronali, ognuno di essi coltiva il progetto di ricomporre il Codice per svelare così l'arcano, il segreto del volo; chi per venderlo e ricavarne un guadagno, chi per realizzare il sogno leonardesco: in ogni caso tutti aspirano, in un modo o nell'altro, a elevarsi in alto, almeno al di sopra delle loro miserie terrene.
