Il nucleo principale della Collezione islamica si è formato negli anni immediatamente seguenti all'istituzione del Museo (1957, inaugurato nel 1958). I materiali provengono da acquisti, in un primo momento effettuati dall'IsMEO oggi IsIAO e dati in deposito al Museo in base ad una specifica convenzione. Si sono poi aggiunti acquisti effettuati direttamente dallo Stato italiano e preziose donazioni da parte di privati, che hanno registrato un incremento notevole negli ultimi anni.
Ciò è vero soprattutto per la ricca collezione di ceramiche, il cui nucleo principale era già costituito negli anni Settanta. Il raffinatissimo vasellame conservato, solo parzialmente esposto al pubblico, documenta produzioni provenienti da vari ambiti geografici, principalmente dall'area irano-afghana, ma anche irachena, turca-ottomana e ispano-moresca, per un periodo esteso dall'VIII al XVII secolo. I successivi acquisti, le collezioni Vannini Caggiati (1999) e Olivetti (2001), hanno arricchito il patrimonio museale con esemplari iranici del XVIII-XIX secolo e con ceramiche invetriate e non, prodotte in Afghanistan e nell'Asia centrale dal VII al XIII secolo.
La raccolta di metalli - suppellettili, gioielli, armi e armature - è rappresentata da esemplari di altissima qualità: anche qui il nucleo originario si è notevolmente arricchito grazie ad una donazione, perfezionata nel 2005 (circa 2000 opere, non solo d'arte islamica), che ha "ridisegnato" le Collezioni del MNAO. Vi si è poi aggiunta la collezione Giuliano (2007), comprendente oltre ai metalli anche ceramiche, pagine di manoscritti, miniature e sigilli in pietra dura.
Particolarmente significativa la gioielleria, si tratta di monili in argento e in oro arricchiti di pietre preziose e semipreziose, di varia provenienza, giunti nelle raccolte museali con la donazione del 2005 e la donazione Dall'Omo (2008), che ha aggiunto gioielli dal Turkmenistan e una serie di pregevoli armi islamiche.
Fra i manoscritti spiccano un antico Corano e riproduzioni di preghiere e di poesie (ad esempio di Firdusi e Jalal al-din Rumi); laddove il trittico ottomano si pone come affascinante esempio dell'arte della calligrafia, così importante nel mondo islamico; di grande pregio le miniature e le pitture, fra cui si segnala un suggestivo dipinto a olio su tela dall'Iran (XVIII-XIX secolo).Né si sono volute tralasciare la collezione di vetri, di monete - quest'ultima assai rilevante, presentata di recente in due interessanti cataloghi - e di legni, provenienti prevalentemente dalla regione pakistana dello Swat, exempla del consistente patrimonio di arredi ed elementi architettonici conservato nei depositi museali, che occorre invece offrire al pubblico.
Un vero e proprio cammeo, infine, è costituito dai reperti provenienti dagli scavi del palazzo di Mas'ud III a Ghazni, in Afghanistan, condotti dalla Missione Archeologica Italiana dell'IsMEO fra il 1957 e il 1968. In seguito ad un accordo tra il governo afghano e l'IsMEO, circa 2000 ese
