In seguito agli eventi del film precedente, Saber è considerata morta, e ciò a tutti gli effetti squalifica Shirou dalla Guerra del Santo Graal. Nonostante ciò, il ragazzo è deciso a continuare a combattere, e va a casa di Rin per trovare insieme un piano d'azione. Ritornato a casa, Shirou scopre che Sakura è stata rapita da Shinji, e lo affronta insieme a Rin. Sakura implora tutti di fermarsi, e Rider risponde al suo grido di aiuto, rivelando che è Sakura la sua vera Master. Shinji ordina a Sakura di usare il suo ultimo Incantesimo di Comando per passare di nuovo il controllo di Rider a lui, ma lei si rifiuta. Shinji risponde usando una pozione che fa perdere a Sakura il controllo del proprio mana e le fa ferire Shirou, poi fugge. Archer e Rin attaccano Sakura, ma Rider la difende, rimuovendosi la maschera e rivelando di essere la mitologica Medusa. Medusa comincia a trasformare con lo sguardo i suoi tre avversari in pietra, ma Shirou viene ferito nuovamente nel salvare la vita a Rin, e il senso di colpa di Sakura la porta a ferirsi da sola, costringendo Rider a fermarsi.
